Investigamos la efectividad de inspeccionar los regímenes en el control de productos alimenticios y piensos que contienen organismos genéticamente modificados (OGM) no conformes con las regulaciones de la Comisión Europea (CE) (es decir, una importación de alimentos/piensos que contienen un umbral de contenido de OGM superior al 0,9% para alimentos y al menos 0,1% para piensos permitido por las regulaciones de la CE pero no etiquetado (o incorrectamente) o importaciones de alimentos/piensos que contienen OGM no autorizados). Recopilamos información a nivel de país a partir de informes oficiales de la CE sobre el número de muestras y casos de incumplimiento identificados por controles oficiales realizados por los Estados miembros europeos (EM). Analizamos la probabilidad de encontrar importaciones de alimentos/piensos no conformes para varios países de EM entre 2000 y 2013, utilizando un modelo jerárquico que interrelaciona el número de muestras tomadas (es decir, inspecciones) con las interceptaciones de productos no conformes. Los resultados muestran que la probabilidad de encontrar productos importados no conformes con las regulaciones de OGM de la CE en alimentos y piensos varía entre los países de EM, pero en la mayoría de los casos es relativamente alta. Por ejemplo, para productos alimenticios importados en 2004, la probabilidad de la tasa de interceptación de productos alimenticios no conformes superior al 5% y 10% en Francia fue del 99% y 70%, respectivamente. Sin embargo, mientras que países como Suecia, Portugal y Austria también muestran una alta tasa de interceptación de alimentos no conformes, otros países como Alemania y España muestran una probabilidad muy baja de encontrar productos alimenticios importados no conformes. Para productos de piensos importados, la probabilidad general de la tasa de interceptación de productos de piensos no conformes superior al 5% y 10% por país y año fue aún mayor que para productos alimenticios importados (por ejemplo, 100% en el caso de Hungría en 2005). La regulación de la Unión Europea debe guiar adecuadamente a los EM para establecer el nivel óptimo de inspecciones, garantizando la libertad de elección de los consumidores.