La salinización del suelo es una limitación importante para la productividad agrícola global, lo que resalta la necesidad de identificar genes de tolerancia a la sal y sus mecanismos moleculares. Aquí, integramos análisis de perfiles de mRNA y miRNA para investigar la base molecular de la tolerancia a la sal de un cultivar élite S268. El análisis de RNA-seq a lo largo del tiempo reveló una reprogramación transcripcional dinámica bajo estrés de 215 mM de NaCl, con 212 genes centrales significativamente enriquecidos en las vías de degradación de ácidos orgánicos y metabolismo de glicolato/dicarboxilato. Combinado con el análisis de red de coexpresión génica ponderada (WGCNA) y la validación por RT-qPCR, se identificaron cinco genes candidatos como reguladores de la tolerancia a la sal en colza. El análisis de haplotipos basado en mapeo de asociación mostró que exhibieron dos haplotipos principales que estaban significativamente asociados con la variación de tolerancia a la sal bajo estrés salino en colza. El análisis integrado de miRNA-mRNA y RT-qPCR identificó tres pares regulatorios de miRNA-mRNA que podrían estar involucrados en la tolerancia a la sal de S268. Estos resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre la regulación post-transcripcional de la tolerancia a la sal, ofreciendo objetivos potenciales para la mejora genética.