Las macrófitas acuáticas son un componente vital de los ecosistemas lacustres, influyendo profundamente en la estructura y función del ecosistema. Bajo escenarios futuros de inundaciones extremas más frecuentes y una eutrofización lacustre intensificada, las macrófitas acuáticas enfrentarán desafíos crecientes. Por lo tanto, comprender las respuestas de las macrófitas acuáticas a las perturbaciones por inundaciones y el enriquecimiento de nutrientes es crucial para predecir la dinámica futura de la vegetación en los ecosistemas lacustres. Este estudio se centra en el lago Huangmaotan, un lago de llanura aluvial del río Yangtsé, donde reconstruimos trayectorias sucesionales de 200 años de comunidades de macrófitas y sus mecanismos impulsores. Con un enfoque multiproxy, analizamos un núcleo de sedimento bien datado que incorpora macrofósiles de plantas, tamaño de grano, elementos nutrientes, metales pesados y registros históricos de inundaciones de la cuenca. Los resultados demuestran un cambio significativo en la comunidad de macrófitas, de especies que existían antes de 1914 a especies que existían en 2020. A diferencia de la degradación generalizada de macrófitas observada en la mayoría de los lagos regionales, este lago ha mantenido un dominio de plantas de agua clara y ha experimentado una expansión continua de la vegetación en los últimos 50 años. Atribuimos esto a los efectos interrelacionados de las inundaciones y el enriquecimiento de los ecosistemas con nutrientes. Específicamente, nuestros hallazgos sugieren que el enriquecimiento de nutrientes puede mitigar los efectos de estrés de las inundaciones en las macrófitas acuáticas, mientras que las perturbaciones por inundaciones ayudan a reducir las concentraciones excesivas de nutrientes en la columna de agua. Estos hallazgos ofrecen perspectivas aplicables para la restauración de la vegetación acuática en la llanura aluvial del río Yangtsé y otros sistemas lacustres comparables en todo el mundo.