Las microalgas son miembros importantes de los microbiomas del suelo y de las plantas, desempeñando roles clave en el mantenimiento de la salud del suelo y de las plantas, así como en la promoción del crecimiento de las plantas. Sin embargo, no se comprende mucho sobre el potencial de diferentes cepas de microalgas para aumentar el crecimiento de las plantas, ni sobre los mecanismos involucrados en tales actividades. En este trabajo, se presenta y analiza la caracterización funcional y genómica de la cepa NFX-FRZ, una microalga eucariota perteneciente al género que fue aislada de la rizosfera de una planta que crece en un entorno natural en Portugal. Los resultados obtenidos demuestran que la cepa NFX-FRZ (i) pertenece a una nueva especie, denominada sp. nov.; (ii) puede unirse eficazmente a los tejidos de la planta de tomate y promover su crecimiento; (iii) puede sintetizar una amplia gama de compuestos que promueven el crecimiento de las plantas, incluidos fitohormonas como el ácido indol-3-acético, el ácido salicílico, el ácido jasmónico y el ácido abscísico; y (iv) contiene múltiples genes involucrados en la biosíntesis y señalización de fitohormonas. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre la relevancia de las microalgas eucariotas como agentes promotores del crecimiento de las plantas y ayuda a construir una base para futuros estudios sobre el origen y la evolución de la biosíntesis y señalización de fitohormonas, así como otros mecanismos de colonización y promoción del crecimiento de las plantas en asociación con el suelo.