Este estudio aborda el modelado detallado y la simulación del acoplamiento dinámico entre un vehículo submarino y un sistema manipulador. Se analizan los efectos de acoplamiento dinámico debidos a los efectos de amortiguación, restauración e inercia de un manipulador submarino montado en un vehículo submarino autónomo (AUV) considerando las características del actuador y del sensor. Se propone un esquema de control por modelo de referencia (MRC) para el sistema vehículo-manipulador submarino (UVMS). La eficacia del esquema de control propuesto se demuestra mediante simulaciones numéricas junto con un estudio comparativo entre el control convencional proporcional-integral-derivativo (PID). También se ilustra la robustez del esquema de control propuesto en presencia de perturbaciones externas e incertidumbres en los parámetros.