La cuenca del río Sinos, ubicada en el noreste del estado de Rio Grande do Sul, Brasil, se ha visto altamente impactada por las actividades industriales y urbanas. La calidad del agua es baja debido a los vertidos de aguas residuales domésticas e industriales. La mayoría de los afluentes han sufrido intervenciones estructurales drásticas, como canalizaciones y la eliminación de la vegetación riparia. Los objetivos de este estudio fueron: 1) evaluar la diversidad de peces en 34 sitios de muestreo en veinticuatro afluentes de la cuenca del río Sinos; 2) cuantificar el nivel de impacto mediante el índice de diversidad de Shannon-Wiener y un Índice de Integridad Biótica (IBI) adaptado; y 3) verificar la interferencia de los impactos ambientales, previamente cuantificados en un Estudio de Evaluación de Corredores Arroyos (SCAS), en la población de peces; y 4) comparar la relación entre el IBI y el ordenamiento fluvial. El muestreo de peces se realizó mediante pesca eléctrica entre abril de 2004 y agosto de 2006. Se muestrearon 4.869 individuos, representando 61 especies, 14 familias y seis órdenes. Se encontraron relaciones significativas entre el índice de Shannon-Wiener y el IBI con las puntuaciones del SCAS y los órdenes fluviales. De todos los impactos que conforman la puntuación del SCAS, solo las modificaciones del cauce se correlacionaron significativamente con el IBI. Estos resultados indican que la adaptación del IBI fue efectiva y tuvo un mejor rendimiento que el índice de diversidad de Shannon-Wiener al relacionarse directamente con categorías de impacto específicas. La aplicación del IBI con el SCAS y las demás variables fue eficiente en los afluentes de la cuenca del río Sinos, ya que mostró la degradación biótica en consonancia con los cambios en el hábitat físico.