Las razas autóctonas de ovejas de Sudáfrica, como la Nguni, están bien adaptadas a diferentes regiones ecológicas en todo el país. Esto ha dado lugar a diferentes ecotipos. Sin embargo, no está claro si las diferencias entre las ovejas Nguni son genéticamente distintas. El presente estudio tuvo como objetivo utilizar la última tecnología para evaluar la relación genética entre los ecotipos de ovejas Nguni y la relación con otras razas sudafricanas seleccionadas utilizando marcadores SNP. En el estudio actual, se genotiparon 144 muestras de ovejas sudafricanas (75 ovejas Nguni y 69 ovejas de raza mixta como referencia) utilizando el ensayo OvineSNP50 Bead Chip de Illumina. Los Nguni consistían en 25 ovejas Pedi, 25 Swazi y 25 Zulu, mientras que el grupo de referencia comprendía 25 ovejas Namaqua, 23 Dorper y 21 Damara. Después del control de calidad de 54,241 SNPs, quedaron 48,429 SNPs para el análisis (MAF > 0.05). Hubo diferencias genéticas en la población de ovejas Nguni; notablemente, las poblaciones Zulu y Swazi se agruparon juntas, pero con una clara distinción del ecotipo Pedi. Se detectaron mezclas genéticas en las ovejas Damara y Dorper. Esto es muy probablemente una consecuencia de la reciente mezcla entre razas autóctonas y comerciales. Los niveles de diversidad genética dentro de los tipos individuales fueron generalmente más bajos en comparación con las razas comerciales. Este estudio reveló una comprensión sobre la variación genética dentro y entre las razas autóctonas de ovejas, que puede ser utilizada como información de referencia para establecer programas de conservación y cría.