El objetivo de esta investigación fue estudiar la comunidad de protozoos ciliados en tres estaciones de muestreo que reciben diferentes niveles de aguas residuales domésticas a lo largo del arroyo São Pedro, en el municipio de Juiz de Fora, Minas Gerais, Brasil, con el fin de determinar la influencia de la contaminación orgánica en esta comunidad y evaluar la viabilidad del uso de ciliados como indicadores de la calidad del agua. Se evaluaron cuatro parámetros físico-químicos de las muestras de agua: concentración de oxígeno disuelto, conductividad eléctrica, pH y temperatura. El sedimento se obtuvo manualmente, utilizando dragas con capacidad de 300 mL, en cada punto de recolección. El punto 1 se ubicó en una región rural con baja carga de aguas residuales, mientras que los puntos 2 y 3 se ubicaron en zonas pobladas con alta carga de aguas residuales. Se encontraron 22 especies de ciliados, de las cuales 18 pertenecen al sistema sapróbico y se consideran bioindicadoras. Estos mostraron ambientes beta-mesosapróbicos en el Punto 1 y alfa-mesosapróbicos a polisapróbicos en los Puntos 2 y 3. Los bajos niveles de oxígeno disuelto y los altos valores de conductividad eléctrica en los Puntos 2 y 3, junto con la fuerte similitud entre las taxocenosis de ciliados de estos puntos y la escasa similitud entre el Punto 1 y los otros dos, confirman las altas cargas de aguas residuales recibidas en estos dos últimos puntos. Por lo tanto, la combinación de indicadores biológicos y análisis físico-químicos demostró ser un método eficiente para evaluar la calidad del agua y tiene un excelente potencial para respaldar las decisiones sobre la conservación de las cabeceras y la recuperación de ambientes degradados en sistemas lóticos.