La intercalación de abonos verdes es un método de producción importante y sostenible en huertos de cítricos. Sin embargo, pocos estudios se centran en el impacto de abonos verdes anuales y perennes en la salud del suelo, especialmente en el microbioma y propiedades del suelo en suelos ácidos. Nuestro objetivo de investigación fue explorar los posibles efectos en la salud del suelo mediante la intercalación con abonos verdes leguminosos anuales y perennes en huertos de cítricos en suelos ácidos del suroeste de China. Los abonos verdes leguminosos utilizados fueron alfalfa y veza villosa. Los resultados mostraron que la intercalación con abono verde aumentó el nitrógeno total, el nitrógeno nítrico y el fósforo disponible en el suelo en un 48,67-74,67%, 50,00-96,67% y 44,48-45,04%, respectivamente. La intercalación con alfalfa aumentó significativamente la actividad de la sucrasa del suelo en un 63,75%, y la intercalación con veza villosa aumentó la actividad de la beta-1,4-glucosidasa en un 44,38% en comparación con el tratamiento de monocultivo. La intercalación de veza villosa y alfalfa alteró la diversidad y composición de la comunidad microbiana del suelo y enriqueció el suelo con hongos y bacterias beneficiosos. La riqueza aumentó en un 58,72% y un 17,90% en el tratamiento de intercalación con alfalfa. En conclusión, la intercalación de abonos verdes leguminosos mejoró los nutrientes y la actividad de las enzimas en el suelo y enriqueció el microbioma antagonista en el suelo, promoviendo la salud del suelo en el huerto de cítricos.