En Colombia, el cultivo de árboles frutales de hoja caduca como la pera está en expansión por razones socioeconómicas y se está volviendo cada vez más importante para la población local. Dado que el cultivo organizado está reemplazando lentamente al cultivo de subsistencia, se necesita información científica sobre el agroambiente actual para proceder en este cambio de manera orgánica y respetuosa con el medio ambiente. En particular, este estudio es una descripción precisa de la micobiota presente en el suelo a granel de dos huertos de peras de alta altitud en los Andes colombianos. El metabarcoding de muestras de suelo permitió un análisis en profundidad de toda la comunidad fúngica. La asamblea fúngica estaba dominada generalmente por Ascomycota y en segundo lugar por Mortierellomycota. Como se observó en otros estudios en Colombia, el género se encontró especialmente abundante. El suelo de los diferentes huertos de peras parecía albergar comunidades fúngicas bastante diferentes según las propiedades físico-químicas del suelo. La micobiota común contenía 35 especies de hongos, incluyendo varias especies de , , y . Además, la mayoría de las especies de hongos identificadas (79%) fueron registradas por primera vez en suelos colombianos, añadiendo así información importante sobre la biodiversidad del suelo en relación tanto con Colombia como con los huertos de peras.