La roya de la hoja del trigo, causada por , es una de las enfermedades fúngicas más comunes del trigo en China y se presenta ampliamente en varias regiones productoras de trigo. Para aclarar la epidemia, las reglas de propagación y la estructura poblacional de entre diferentes regiones, se probaron 217 aislados de recolectados en Hebei, Shandong, Sichuan y Xinjiang en China mediante 34 líneas near-isogénicas de Thatcher y 21 pares de cebadores EST-SSR. Se identificaron un total de 83 razas, y THTT, PHTT, THTS y PHJT fueron las razas más predominantes en las cuatro provincias en 2009. Encontramos una virulencia enriquecida y diversidad genética en las cuatro poblaciones y una correlación significativa entre el polimorfismo genético y las regiones geográficas. Sin embargo, no se encontró una correlación significativa entre los fenotipos de virulencia y los genotipos moleculares. Además, se detectó un notable alto nivel de flujo génico ( = 2.82 > 1) entre las cuatro poblaciones. La relación genética entre las poblaciones de Hebei, Shandong y Sichuan fue cercana, posiblemente debido a la propagación de desde Sichuan a Shandong y luego a Hebei. En contraste, la población de Xinjiang fue relativamente independiente. El análisis de diferenciación genética mostró cierto nivel de diferenciación entre o dentro de las poblaciones de en las cuatro provincias, y la variación genética dentro de las poblaciones (74.97%) fue mayor que entre poblaciones (25.03%). Nuestro estudio proporciona una base para una mejor comprensión de la migración regional, la epidemia y la estructura poblacional de en China.