Las lagunas costeras neotropicales (LCN) son ecosistemas dominados por el ser humano. Su distribución a lo largo de zonas costeras densamente pobladas de países en desarrollo convierte a estos sistemas en uno de los más amenazados del mundo. A continuación, resumimos algunos aspectos de las causas y consecuencias de la biodiversidad de las LCN, su funcionamiento, su importancia para las poblaciones circundantes, su fragilidad y sus respuestas a los impactos antropogénicos locales y globales, así como los desafíos que enfrentan los países neotropicales para conservar estos sistemas. Aunque aún son escasas y están geográficamente concentradas, un creciente número de estudios ha demostrado que las LCN son sistemas fisiográficamente diversificados que albergan una proporción considerable y particular de la biodiversidad acuática continental neotropical. A pesar de que las lagunas costeras son ecotonos estrechamente conectados con los entornos circundantes, desarrollan mecanismos de regulación estructural y funcional que les confieren mayor productividad y capacidad de carga que los ecosistemas circundantes. Estas características atraen desarrollos residenciales y subsidian a las poblaciones tradicionales locales con importantes ingresos económicos y estéticos derivados de los ecosistemas, como la pesca y la belleza paisajística. Sin embargo, la desorganizada ocupación humana en torno a los NCL está causando profundos impactos como la eutrofización, la salinización, la introducción de especies exóticas, entre otros efectos, que, en última instancia, están provocando importantes degradaciones del hábitat y la pérdida de biodiversidad en los NCL. Argumentamos que las estrategias de conservación interdisciplinarias, que integran la experiencia científica, los funcionarios gubernamentales, las empresas privadas y el público en general, son las que tienen más probabilidades de superar los obstáculos geográficos y económicos para la conservación de los NCL.