Se sabe que la inhibición por amonio en concentraciones superiores a 1000 mgN/L perjudica la fase de metanogénesis de la digestión anaeróbica. Hemos digerido anaeróbicamente residuos porcinos y hemos logrado una eficiencia de eliminación de DQO en estado estable de alrededor del 52% sin acumulación de ácidos grasos ni de H2. A medida que la comunidad microbiana anaeróbica se adaptó al aumento gradual del amoníaco total (NH3-N) de 890 ± 295 a 2040 ± 30 mg/L, las comunidades bacterianas y arqueas se volvieron menos diversas. Los filotipos más estrechamente relacionados con el Methanoculleus hidrogenotrófico (36,4%) y el Methanobrevibacter (11,6%), junto con el Methanosaeta acetoclástico (29,3%), se convirtieron en las secuencias arqueas más abundantes durante la aclimatación. Esto fue acompañado por un fuerte aumento de la abundancia relativa de los filotipos más estrechamente relacionados con los acetógenos y productores de ácidos grasos (Clostridium, Coprococcus y Sphaerochaeta) y de las bacterias sintróficas de ácidos grasos (Syntrophomonas, Clostridium, especies de Clostridiaceae y especies de Cloacamonaceae) que tienen capacidad metabólica para la fermentación de butirato y propionato, así como para la acetogénesis inversa. Nuestros resultados aportan pruebas que refutan la teoría predominante de que los metanógenos acetoclásticos se inhiben selectivamente cuando la concentración total de amoníaco-N es superior a ~1000 mgN/L. En cambio, los metanógenos acetoclásticos e hidrogenotróficos coexistieron en presencia de amoníaco-N total de ~2000 mgN/L estableciendo relaciones sintróficas con fermentadores de ácidos grasos, así como con homoacetógenos capaces de llevar a cabo acetogénesis directa e inversa.