Los embalses son hábitats artificiales, intermedios entre ríos y lagos, que presentan características hidrológicas y morfométricas distintivas, con un tiempo medio de residencia del agua diferencial. Presentan también una organización vertical y horizontal adecuada, y su evolución depende de diversas variables que actúan en diferentes escalas temporales. La evolución de la calidad del agua del embalse de Itaipú se evaluó mediante el análisis de variables físicas, químicas y biológicas, y mediante la aplicación de Índices de Estado Trófico. Se concluyó que las variables limnológicas presentan un patrón horizontal de variación altamente dependiente del régimen hidrológico. La turbidez y los sólidos en suspensión totales presentaron el mismo patrón de distribución en las zonas del embalse. La zona fluvial presentó las mayores concentraciones de nutrientes, sólidos en suspensión y turbidez. Los resultados de los Índices de Estado Trófico indican un nivel mesotrófico para las zonas fluviales y de transición, y oligotrófico para la zona lacustre.