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Loci de rasgos cuantitativos de expresión común compartidos por genes histónicos
Se llevó a cabo un estudio de asociación de genoma completo (GWAS) para examinar los loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTLs) para los genes de histonas. Se examinaron los eQTL comunes para múltiples genes de histonas en 373 líneas celulares linfoblastoides europeas (LCL). Se empleó un modelo de regresión lineal para identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) asociados con la expresión de los genes histónicos, y el número de eQTLs se determinó mediante un análisis de desequilibrio de ligamiento. También se examinaron las asociaciones adicionales de los eQTLs identificados con otros genes. Identificamos 31 eQTLs para 29 genes de histonas a través de un análisis de genoma completo utilizando 29 genes de histonas (P<2.97×10-10). Entre ellos, 12 eQTLs se asociaron con la expresión de múltiples genes de histonas. El análisis de asociación de todo el transcriptoma utilizando los eQTLs identificados mostró sus asociaciones con 80 genes adicionales (P<4,75×10-6). En particular, la expresión de los genes RPPH1, SCARNA2 y SCARNA7 se asoció con 26, 25 y 23 eQTLs, respectivamente. Este estudio sugiere que los genes de histonas compartieron 12 eQTLs comunes que podrían regular la transcripción dependiente del ciclo celular de los genes de histonas y otros genes. Se necesitan más investigaciones para dilucidar los mecanismos transcripcionales de estos genes.
Autores: Hanseol, Kim; Yujin, Suh; Chaeyoung, Lee
Idioma: Inglés
Editor: Hindawi
Año: 2017
Disponible con Suscripción Virtualpro
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 15
Citaciones: Sin citaciones
Hindawi
International Journal of Genomics
Volume 2017, Article ID 6202567, 14 pages
https://doi.org/10.1155/2017/6202567
Hanseol Kim, Yujin Suh, Chaeyoung Lee
, Republic of Korea
Academic Editor: Marco Gerdol
Contact: ijg@hindawi.com
Se llevó a cabo un estudio de asociación de genoma completo (GWAS) para examinar los loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTLs) para los genes de histonas. Se examinaron los eQTL comunes para múltiples genes de histonas en 373 líneas celulares linfoblastoides europeas (LCL). Se empleó un modelo de regresión lineal para identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) asociados con la expresión de los genes histónicos, y el número de eQTLs se determinó mediante un análisis de desequilibrio de ligamiento. También se examinaron las asociaciones adicionales de los eQTLs identificados con otros genes. Identificamos 31 eQTLs para 29 genes de histonas a través de un análisis de genoma completo utilizando 29 genes de histonas (P<2.97×10-10). Entre ellos, 12 eQTLs se asociaron con la expresión de múltiples genes de histonas. El análisis de asociación de todo el transcriptoma utilizando los eQTLs identificados mostró sus asociaciones con 80 genes adicionales (P<4,75×10-6). En particular, la expresión de los genes RPPH1, SCARNA2 y SCARNA7 se asoció con 26, 25 y 23 eQTLs, respectivamente. Este estudio sugiere que los genes de histonas compartieron 12 eQTLs comunes que podrían regular la transcripción dependiente del ciclo celular de los genes de histonas y otros genes. Se necesitan más investigaciones para dilucidar los mecanismos transcripcionales de estos genes.
Descripción
Se llevó a cabo un estudio de asociación de genoma completo (GWAS) para examinar los loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTLs) para los genes de histonas. Se examinaron los eQTL comunes para múltiples genes de histonas en 373 líneas celulares linfoblastoides europeas (LCL). Se empleó un modelo de regresión lineal para identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) asociados con la expresión de los genes histónicos, y el número de eQTLs se determinó mediante un análisis de desequilibrio de ligamiento. También se examinaron las asociaciones adicionales de los eQTLs identificados con otros genes. Identificamos 31 eQTLs para 29 genes de histonas a través de un análisis de genoma completo utilizando 29 genes de histonas (P<2.97×10-10). Entre ellos, 12 eQTLs se asociaron con la expresión de múltiples genes de histonas. El análisis de asociación de todo el transcriptoma utilizando los eQTLs identificados mostró sus asociaciones con 80 genes adicionales (P<4,75×10-6). En particular, la expresión de los genes RPPH1, SCARNA2 y SCARNA7 se asoció con 26, 25 y 23 eQTLs, respectivamente. Este estudio sugiere que los genes de histonas compartieron 12 eQTLs comunes que podrían regular la transcripción dependiente del ciclo celular de los genes de histonas y otros genes. Se necesitan más investigaciones para dilucidar los mecanismos transcripcionales de estos genes.