China tiene un rico recurso genético en sus 34 razas de patos domésticos. Con el fin de detectar la diversidad genética y explorar el origen de estas poblaciones indígenas de patos, se secuenció y analizó la región de control del ADN mitocondrial (mtDNA) de 208 patos individuales, incluyendo 22 razas domésticas, patos silvestres de ánade real, patos de pico manchado del este, patos Muscovy blancos y patos Muscovy negros. La diversidad de haplotipos (Hd) fue de 0.653 y la diversidad nucleotídica promedio (Pi) fue de 0.005, lo que indica una diversidad genética moderada. Se detectaron sesenta haplotipos, y se generaron el árbol filogenético de máxima verosimilitud (ML) y la red de unión mediana (MJ) a partir de los análisis de secuencia. En este estudio, se detectaron haplotipos del pato ánade real en la mayoría de las razas de patos domésticos chinos. Además, se detectó el haplotipo H8 del pato de pico manchado del este en dos razas de patos. Solo se encontraron dos haplotipos en los patos Muscovy, lo que sugiere una baja diversidad genética dentro de esta población. Los análisis de secuencia y haplotipos revelaron que tanto el pato ánade real como el pato de pico manchado del este contribuyeron a la evolución de los patos domésticos en China.