En este estudio, se analizó la composición, la riqueza específica y la abundancia de macroinvertebrados bentónicos (<250 µm) de sedimentos de ocho embalses del río Paranapanema (sureste de Brasil), así como de los principales afluentes (Taquari, Pardo y Tibagi) y la desembocadura del río Paraná. Se muestrearon trimestralmente diecinueve puntos distribuidos a lo largo de 700 km (ocho campañas) durante un período de dos años (2000 y 2001). El zoobentos se caracterizó por una alta riqueza de especies (aprox. 100 taxones), con predominio de dípteros quironómidos (aprox. 50 taxones). Se observó una gran variación espacial en la estructura de la asociación, principalmente al comparar las zonas lacustres de los embalses con los tramos fluviales. El oligoqueto Narapa bonettoi fue dominante en las estaciones de muestreo con sedimentos arenosos y alta velocidad del agua, principalmente en el río Pardo y aguas arriba y aguas abajo de la desembocadura del río Paranapanema (río Paraná). Branchiura sowerbyi, otro oligoqueto numéricamente importante, fue abundante en las regiones de la cuenca alta y media del Paranapanema. El molusco bivalvo Corbicula fluminea se distribuyó ampliamente, presentándose en la mayoría de las estaciones y períodos de muestreo. Se observó un cierto incremento en la riqueza y abundancia de taxones en el Paranapanema medio. La menor profundidad, el mayor caudal y el aumento de las condiciones tróficas parecen favorecer el desarrollo de la fauna bentónica en esta región. No se pudo detectar un patrón de variación estacional durante los dos años de estudio, especialmente en lo que respecta a la abundancia de zoobentos.