Se investigaron regiones genómicas que rigen los días hasta la espigación (DH), los días hasta la madurez (DM), la altura de la planta (PH), el peso de mil granos (TKW) y el peso específico (TW) en un conjunto de 190 RILs derivados de un cruce entre una variedad de trigo ampliamente cultivada, Kachu (DPW-621-50), y una variedad de alto contenido de zinc, Zinc-Shakti. La población de RIL fue genotipada utilizando 909 marcadores DArTseq y fenotipada en tres entornos. El mapa genético construido tuvo una longitud genética total de 4665 cM, con una densidad media de marcadores de 5.13 cM. Se identificaron un total de treinta y siete nuevos loci de rasgos cuantitativos (QTL), incluidos doce para PH, seis para DH, cinco para DM, ocho para TKW y seis para TW. Se identificó un conjunto de 20 QTLs estables asociados con la expresión de DH, DM, PH, TKW y TW en dos o más entornos. También se identificaron tres nuevas regiones genómicas pleiotrópicas que albergan QTLs co-localizados que rigen dos o más rasgos. El análisis in silico reveló que los marcadores DArTseq estaban ubicados en importantes genes candidatos putativos involucrados en la regulación de la madurez del polen, la modulación fotoperiódica del tiempo de floración, la tolerancia al estrés abiótico, la duración del llenado de granos, el peso de mil granos, la morfología de las semillas y el crecimiento y desarrollo de la planta. Los nuevos QTLs identificados, particularmente los QTLs estables y co-localizados, serán validados para estimar sus efectos en diferentes antecedentes genéticos para su uso posterior en la selección asistida por marcadores (MAS).