El color de la piel de las raíces de rábano es un carácter importante de la mercancía que afecta directamente el comportamiento de elección de los consumidores. Aquí, identificamos un gen de color de piel llevado por una línea endogama de piel roja, SXAU-R2. Se construyó una población genética mediante el cruce de SXAU-R2 y una línea endogama de piel blanca, SXAU-W2, y las raíces de las plantas F exhibieron un color intermedio. En la población F, la proporción de separación del color de la piel de la raíz indicó que el fenotipo estaba controlado por un locus mayor, llamado (). Combinado con el análisis de segregantes agrupados y la secuenciación de ARN (BSA-seq), se detectaron 2640 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) entre los genes anotados del grupo de piel roja y el grupo de piel blanca. Se desarrollaron marcadores moleculares en la región enriquecida en SNP de 27 a 32 Mbp del cromosoma 7, y luego se mapeó en el intervalo genético entre los marcadores flanqueantes y . Usando líneas F derivadas de un heterocigoto F clave, se redujo a un intervalo de 530 Kbp. Había 46 genes anotados expresados en la región de mapeo fino, y se seleccionó un gen que codifica MYB como el candidato de . Finalmente, basado en el análisis de enriquecimiento de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) y RT-qPCR, identificamos los genes interactuantes potenciales y , así como los genes objetivo latentes y de RST1 en la vía de síntesis de antocianinas. Estos resultados proporcionan una comprensión de los mecanismos genéticos que regulan la síntesis de antocianinas y ofrecen un marcador molecular eficiente para la cría de rábano de color de piel.