El péptido lunasina de la soja exhibe efectos significativos en la prevención del cáncer, antioxidantes y hipocolesterolémicos. Este estudio tuvo como objetivo identificar nucleótidos de rasgos cuantitativos (QTNs) asociados con el contenido de lunasina y anotar los genes candidatos en el genoma de la soja. El panel de mapeo de 144 accesiones se reunió de la Colección de Germoplasma de Soja del USDA, abarcando diversos orígenes geográficos y antecedentes genéticos, y fue genotipado utilizando los Beadchips SoySNP50K iSelect. El contenido de lunasina en las semillas de soja se midió utilizando el método de ensayo por inmunoabsorción ligado a enzimas (ELISA), con harina de soja ajustada por lípidos preparada a partir de semillas obtenidas de la Red de Información de Recursos de Germoplasma (GRIN) del USDA-ARS en 2003 y de Carolina del Norte en 2021, respectivamente. Se detectaron QTNs significativamente relacionados con el contenido de lunasina en las semillas de soja en 15 cromosomas, con puntajes LOD superiores a 3.0, explicando varias variaciones fenotípicas identificadas utilizando el paquete R mrMLM (v4.0). Se identificaron consistentemente QTNs significativos en los cromosomas 3, 13, 16, 18 y 20 a través de múltiples modelos como significativamente asociados con el contenido de lunasina en la soja, basado en datos de evaluación de dos años. Se encontraron veintinueve genes candidatos, con 12 identificados en semillas de 2003 y 17 de 2021. Nuestro estudio es un esfuerzo importante para comprender la base genética y los genes funcionales para la producción de lunasina en las semillas de soja.