La mancha marrón (BS) es causada por hongos necrotrofos que afectan la producción de arroz de secano y de tierras altas, lo que resulta en pérdidas significativas en el rendimiento y la calidad del grano. Aquí, exploramos el tratamiento con meJA que conduce a la resistencia del arroz a la BS. La familia de las fibrilinas (FBNs) son componentes de los plastoglobulos en los cloroplastos en respuesta al estrés biótico y abiótico; muchas investigaciones han revelado que no solo están asociadas con la resistencia del arroz contra enfermedades, sino también con la vía del JA. La función de las FBNs solo se investigó en el contexto de la expresión génica de la vía de síntesis del JA, el primer enzima específico tras la infección, mostrando una gran regulación después del tratamiento con meJA, indicando la respuesta de la vía del JA a la resistencia a la BS en el arroz. Las expresiones génicas de tres FBN mostraron diferentes modos de regulación significativamente en el tratamiento con meJA. Los resultados del análisis de haplotipos mostraron que los diversos haplotipos son significativos con la puntuación de infección por BS, y mostraron una significancia más fuerte (**** < 0.0001). Por lo tanto, construimos líneas de sobreexpresión, que mostraron más resistencia a la BS en comparación con el tipo silvestre, revelando una regulación positiva de la resistencia del arroz a la BS. Desarrollamos marcadores genéticos mediante análisis de haplotipos de 130 variedades de arroz de acuerdo con los resultados de secuenciación de genoma completo, análisis de haplotipos y desarrollo de marcadores para facilitar la selección de variedades de arroz resistentes a la BS en la mejora del arroz. El marcador Caps desarrollado por Chr4_30690229 puede aplicarse directamente a la aplicación de mejora para la selección de variedades de arroz resistentes a la BS.