Los efectos destructivos de los marchitamientos son conocidos por afectar la producción de muchos cultivos. El control de los patógenos transmitidos por el suelo se basaba principalmente en la fumigación del suelo (bromuro de metilo), que ha sido prohibida desde hace tiempo y, en la actualidad, se basa en un número limitado de fungicidas disponibles debido a las restricciones legislativas sobre las tolerancias de residuos y los impactos ambientales. Alternativamente, se están investigando compuestos naturales y seguros para el medio ambiente, como los aceites esenciales, por su eficacia en el control de enfermedades transmitidas por el suelo. Se ha informado que la gran capacidad fungicida de los componentes del aceite esencial de orégano (carvacrol y timol) inhibe la germinación y el desarrollo micelial de varias especies de hongos. El objetivo de nuestro estudio fue demostrar cómo el enfoque de metabarcoding puede proporcionar información valiosa sobre los impactos positivos o negativos de dos dosis diferentes de aceite esencial de orégano en otras especies de hongos presentes en las muestras de suelo estudiadas a través de la amplificación de las regiones ITS1 e ITS2, que fueron analizadas en una plataforma MiSeq. Una dosis más alta de aceite esencial de orégano disminuyó la abundancia de otras especies de hongos, pero también tuvo efectos negativos en especies con posibles propiedades fungicidas. Las propiedades del suelo, las propiedades del aceite esencial, la composición fúngica y las interacciones entre especies de hongos deben considerarse como factores que influyen en la efectividad de los aceites esenciales como agentes de control biológico para los patógenos transmitidos por el suelo.