Las poblaciones de cría distintas a menudo exhiben divergencia genética, sin embargo, las vías biológicas subyacentes al rendimiento y la resistencia a la roya de las hojas en poblaciones contrastantes siguen siendo poco comprendidas. Aquí, realizamos un análisis genómico comparativo de dos poblaciones (Prematura e Intermedia) para desentrañar la arquitectura genética de la producción de granos de café, el rendimiento de granos verdes y la incidencia de la roya de las hojas. Al integrar la asociación de SNP individuales, el aprendizaje automático (Bootstrap Forest) y el análisis de vías de la Ontología Génica (GO), encontramos que los rasgos de la población Prematura estaban vinculados a vías metabólicas especializadas, particularmente la modificación de lípidos y procesos asociados al lumen de organelos. En contraste, la población Intermedia estaba gobernada por maquinaria celular central, con un enriquecimiento significativo para la regulación del citoesqueleto de actina y la señalización del ácido salicílico. Estos hallazgos demuestran que las poblaciones de cría distintas logran el éxito agronómico a través de estrategias biológicas fundamentalmente diferentes y proporcionan un recurso reutilizable de listas de SNP clasificadas para la cría dirigida y consciente de la población.