El apicomplejo causa miles de muertes humanas al año. Dado que los bovinos representan el reservorio más importante, el análisis de explantes de intestino delgado bovino (BSI) infectados cultivados bajo fisioxia ofrece un modelo realista para estudiar las interacciones entre las células huésped y el microbioma. Aquí, se analizaron explantes de BSI infectados y células epiteliales primarias del intestino delgado bovino para el desarrollo del parásito y las reacciones metabólicas. Las tasas de conversión metabólica en los sobrenadantes de los explantes de BSI se midieron después de la infección, documentando una interferencia metabólica impulsada por el parásito de manera inmediata. Dado que las concentraciones de oxígeno afectan el metabolismo celular, se realizaron mediciones tanto al 5% de O (condiciones intestinales fisiológicas) como al 21% de O (condiciones de laboratorio hiperbáricas comúnmente utilizadas). En general, los análisis de los explantes de BSI infectados revelaron una regulación a la baja de las tasas de conversión de metabolitos clave, como glucosa, lactato, piruvato, alanina y aspartato, a las 3 horas post-infección, seguidas de un rápido aumento en las mismas tasas de conversión a las 6 horas post-infección. Además, el análisis de componentes principales reveló que la fisioxia es un factor determinante de las respuestas metabólicas en los explantes de BSI infectados. En general, el modelo descrito aquí puede permitir a los científicos abordar preguntas pendientes sobre cómo las alianzas entre las células huésped y el microbioma influyen en la integridad epitelial intestinal y apoyan el desarrollo de reacciones inmunitarias intestinales protectoras contra infecciones en un escenario realista bajo condiciones fisioxiológicas.