Este estudio analizó el microbioma de tres variedades que difieren en genotipo y propósito técnico: Cristal, Riesling y Avgustin, todas exhibiendo síntomas de declive de etiología desconocida. Se analizaron un total de 92 vides sintomáticas y asintomáticas utilizando secuenciación de amplicones ITS y 16S rRNA y métodos genéticos moleculares. No se encontraron fitoplasmas ni las bacterias patógenas en las muestras. Los síntomas de declive se asociaron con un cóctel de patógenos fúngicos que causan enfermedades del tronco de la vid. En particular, el análisis reveló los agentes causales del decaimiento por Botryosphaeria ( spp. y spp.), hongos asociados con el complejo de Esca ( spp., spp., spp., spp., spp. y spp.), y los agentes causales del decaimiento por Phomopsis ( spp.). Los síntomas de declive pueden ser incrementados por varios patógenos facultativos de la vid que han sido identificados en el microbioma (géneros , , , , , y ). Los datos metagenómicos del microbioma de la vid ofrecen oportunidades para desarrollar estrategias de control de enfermedades, lo cual es importante para la gestión sostenible de los viñedos.