Los ecosistemas marinos de la Bahía de Todos os Santos (BTS, Estado de Bahía, Brasil) se han visto afectados por la presencia en su costa de una extensa área metropolitana, así como por actividades químicas y petroquímicas. A pesar de su importancia ecológica, existe una falta de información científica sobre la contaminación por metales en la biota marina de la BTS. Por lo tanto, analizamos las concentraciones de metales en cuatro especies de organismos bentónicos marinos (dos algas, Padina gymnospora y Sargassum sp., una pradera marina, Halodule wrightii, y una ostra, Crassostrea rhizophorae) en tres sitios de la región de la BTS que se han visto más afectados por las actividades industriales. Las concentraciones de Al, Cd, Cr, Cu, Fe, Mn, Ni, Pb y Zn se determinaron mediante espectrofotometría de absorción atómica. Los datos obtenidos indican que el cadmio y el cobre presentes en algas, ostras y pastos marinos, así como las concentraciones de níquel en las ostras, se encontraban dentro del rango de las zonas costeras contaminadas. El cadmio y el cobre están disponibles para los organismos a través de partículas en suspensión, la fracción disuelta de la columna de agua y el agua intersticial del sedimento del fondo. Dado que la población local utiliza ostras y otros moluscos como fuente de alimento, los niveles de metales presentes en las ostras de la BST podrían representar un riesgo para la salud de esta población. Nuestros resultados sugieren la implementación de un programa de biomonitoreo de metales pesados ​​en los ecosistemas marinos de la BST.