El mijo perla (L.) es un cereal denso en nutrientes con alto contenido de flavonoides, sin embargo, los mecanismos que regulan su biosíntesis de metabolitos secundarios siguen siendo poco explorados. Varios estímulos exógenos pueden activar fácilmente las vías enzimáticas y la expresión génica asociadas con la biosíntesis de flavonoides en las plantas, que están reguladas por señales de desarrollo. La investigación ha establecido que la aplicación de metil jasmonato (MeJA) mejora la producción de metabolitos secundarios en sistemas vegetales. Esta investigación examinó la influencia de MeJA en la acumulación de flavonoides y las respuestas fisiológicas en brotes de mijo perla para elucidar los mecanismos moleculares subyacentes a la acumulación de flavonoides mediada por MeJA. Los hallazgos revelaron que el tratamiento con MeJA suprimió significativamente la elongación de los brotes mientras que mejoró la biosíntesis de flavonoides totales y compuestos fenólicos. El tratamiento con MeJA provocó respuestas de estrés oxidativo, con concentraciones de peróxido de hidrógeno y aniones superóxido aumentando 1.84 y 1.70 veces en comparación con los niveles de control a los 4 días después de la germinación. Además, los mecanismos de defensa antioxidante en el mijo perla fueron regulados al alza tras el tratamiento, resultando en un aumento significativo de las actividades enzimáticas de catalasa y peroxidasa y en la abundancia de transcritos correspondientes. La aplicación de MeJA aumentó las actividades de las enzimas clave de la vía del fenilpropanoide: la fenilalanina amonio-liasa (PAL) y la cinamato 4-hidroxilasa (C4H), y reguló al alza su respectiva expresión génica. A los 4 días después de la germinación, los niveles de transcritos se elevaron 3.67 y 2.61 veces, respectivamente, en comparación con los controles no tratados. El tratamiento con MeJA indujo significativamente la expresión de genes estructurales descendentes y reguladores transcripcionales. Este estudio proporciona una comprensión más profunda del mecanismo de acumulación de flavonoides en el mijo cola inducido por MeJA, y sienta las bases para condiciones exógenas que promuevan la biosíntesis de flavonoides en las plantas.