La metilación de ADN de -metiladenina (6mA) ha surgido como una modificación epigenética importante en eucariotas. Sin embargo, la evolución de la metilación 6mA de genes homólogos después de la especiación y después de duplicaciones de genes sigue siendo poco clara en las plantas. Para entender la evolución de la metilación 6mA, detectamos los patrones de metilación 6mA a nivel genómico de cuatro plantas de loto de diferentes orígenes geográficos mediante secuenciación por nanoporo y los comparamos con los patrones en y arroz. Dentro del loto, las distribuciones genómicas de los sitios 6mA son diferentes de los sitios de metilación 5mC, que han sido ampliamente estudiados. De manera consistente, en loto y arroz, los sitios 6mA están enriquecidos alrededor de los sitios de inicio de transcripción, correlacionados positivamente con los niveles de expresión génica y preferentemente retenidos en ortólogos altamente y ampliamente expresados con longitudes de gen más largas y más exones. Entre diferentes genes duplicados, la metilación 6mA está significativamente más enriquecida y conservada en duplicados de genoma completo que en duplicados locales. En general, nuestro estudio revela los patrones convergentes de la evolución de la metilación 6mA basados tanto en la divergencia de linajes como en la divergencia de genes duplicados, que subyacen a su posible papel en la evolución regulatoria de genes en las plantas.