La microbiota intestinal tiene un papel crucial en el ganado al ayudar en el desarrollo intestinal, la digestión y las respuestas inmunitarias. La colonización microbiana en la primera etapa de la vida puede tener efectos a largo plazo en la microbiota y el fenotipo del hospedador. La microbiota intestinal incluye una comunidad diversa de bacterias, arqueas, hongos y protozoos, mientras que el microbioma abarca estos microorganismos junto con virus, plásmidos y componentes estructurales microbianos. Los avances en las técnicas de secuenciación han mejorado nuestra comprensión de la microbiota del ganado, con implicaciones significativas para la salud y producción animal y la sostenibilidad ambiental. Aquí, exploramos la microbiota intestinal en rumiantes y animales monogástricos, enfatizando la importancia de su tracto digestivo en la producción y salud animal.