La epilepsia idiopática canina es una enfermedad neurológica común caracterizada por la predisposición duradera de la corteza cerebral a generar convulsiones. No se ha identificado completamente una explicación etiológica en humanos y perros, y, entre las causas presumidas, varios estudios apoyan la posible implicación del microbiota intestinal. En esta revisión, los autores resumen la evidencia del papel razonable del microbiota intestinal en la epilepsia a través del llamado eje intestino-cerebro. Los autores proporcionan una visión general de estudios clínicos y preclínicos recientes en humanos y perros en los que la modulación de la permeabilidad intestinal, la alteración de la respuesta inmune local y la alteración en la producción de metabolitos esenciales y neurotransmisores asociados con la disbiosis podrían ser responsables de la patogénesis de la epilepsia canina. Se realizó una revisión sistemática de la literatura, siguiendo las directrices PRISMA, en dos bases de datos (PubMed y Web of Science). Se incluyeron y revisaron once estudios que apoyan la conexión entre el microbiota intestinal y la epilepsia a través del eje intestino-cerebro.