El archipiélago de Kuriles es parte del Cinturón Circumpacífico (Anillo de Fuego). Estas islas tienen numerosas fuentes termales. Hay muy pocos estudios sobre estas comunidades microbianas, y ninguno de ellos se ha realizado mediante métodos biológicos moleculares modernos. Aquí realizamos el primer estudio metagenómico sobre dos comunidades microbianas termófilas de la isla Kunashir. El lago Faust es caliente (48 grados C) y altamente ácido (pH 2.0). Construimos 28 genomas ensamblados a partir de metagenomas, así como 17 secuencias de ARN ribosomal 16S. Encontramos que los sedimentos del fondo del lago Faust están dominados por una sola especie de algas rojas perteneciente a la familia Cyanidiaceae. Los arqueanos en el lago Faust son más diversos que las bacterias, pero menos abundantes. La fuente termal Tretyakovsky también es caliente (52 grados C) pero solo débilmente ácida (pH 6.0). Tiene una diversidad microbiana mucho mayor (233 genomas ensamblados a partir de metagenomas; 93 ARN ribosomales 16S) y está dominada por bacterias, con solo unos pocos arqueanos y un hongo. A pesar de su proximidad geográfica, se encontró que estas dos fuentes termales no comparten ninguna especie. Una comparación de estos dos lagos con otras fuentes termales del Cinturón Circumpacífico reveló que solo unos pocos miembros de las comunidades se comparten entre diferentes ubicaciones.