Minería de Transposones en los Pequeños Genomas de Animales
Autores: Guo, Mengke; Addy, George A.; Yang, Naisu; Asare, Emmanuel; Wu, Han; Saleh, Ahmed A.; Shi, Shasha; Gao, Bo; Song, Chengyi
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
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Citaciones: Sin citaciones
Los elementos transponibles, incluidos los transposones de ADN, son contribuyentes importantes de las expansiones genómicas y han desempeñado un papel muy significativo en la evolución de los genomas animales, debido a su capacidad para saltar de una posición genómica a otra. En este estudio, investigamos los paisajes evolutivos de los transposones, incluida su distribución, diversidad, actividad y organización estructural en 79 especies de genomas pequeños (compactos) de animales que comprenden tanto vertebrados como invertebrados. En total, se detectaron 212 tipos de transposones de casi la mitad (37) del número total de especies de genomas pequeños (79) investigadas. Los tipos de transposones detectados, que estaban distribuidos de manera desigual en varios géneros y filos, se han clasificado en siete clados o familias distintas con un buen soporte de bootstrap (>80%). Los tipos de transposones que se identificaron tienen una longitud que varía de 1.23 kb a 9.51 kb. Codifican transposasas de aproximadamente >=500 aminoácidos de longitud y poseen repeticiones invertidas terminales (TIRs) que varían de 4 pb a 24 pb. Aunque algunos de los tipos de transposones tienen TIRs largas (528 pb), aún mantienen la duplicación del sitio objetivo (TSD) de 4 pb consistente y confiable de TTAA. Sin embargo, el transposón PiggyBac-2_Cvir originario de la especie exhibe un TSD único de TATG. Las TIRs de los transposones en las siete familias muestran una alta divergencia, con un motivo de extremo 5 altamente conservado. Los dominios centrales de transposasa (DDD) se conservaron mejor entre las siete familias diferentes en comparación con los otros dominios proteicos, que eran menos prevalentes en el genoma vertebrado. El análisis de la dinámica de evolución divergente también indicó que la mayoría de los tipos de transposones identificados en este estudio son relativamente jóvenes o viejos, siendo algunos activos. Además, se encontraron numerosas invasiones de transposones en los genomas de animales tanto vertebrados como invertebrados. Los datos revelan que la superfamilia está ampliamente distribuida en estas especies. Los transposones exhiben alta diversidad y actividad en los genomas pequeños de los animales, y podrían desempeñar un papel crucial en la configuración de la evolución de estos genomas pequeños de los animales.
Descripción
Los elementos transponibles, incluidos los transposones de ADN, son contribuyentes importantes de las expansiones genómicas y han desempeñado un papel muy significativo en la evolución de los genomas animales, debido a su capacidad para saltar de una posición genómica a otra. En este estudio, investigamos los paisajes evolutivos de los transposones, incluida su distribución, diversidad, actividad y organización estructural en 79 especies de genomas pequeños (compactos) de animales que comprenden tanto vertebrados como invertebrados. En total, se detectaron 212 tipos de transposones de casi la mitad (37) del número total de especies de genomas pequeños (79) investigadas. Los tipos de transposones detectados, que estaban distribuidos de manera desigual en varios géneros y filos, se han clasificado en siete clados o familias distintas con un buen soporte de bootstrap (>80%). Los tipos de transposones que se identificaron tienen una longitud que varía de 1.23 kb a 9.51 kb. Codifican transposasas de aproximadamente >=500 aminoácidos de longitud y poseen repeticiones invertidas terminales (TIRs) que varían de 4 pb a 24 pb. Aunque algunos de los tipos de transposones tienen TIRs largas (528 pb), aún mantienen la duplicación del sitio objetivo (TSD) de 4 pb consistente y confiable de TTAA. Sin embargo, el transposón PiggyBac-2_Cvir originario de la especie exhibe un TSD único de TATG. Las TIRs de los transposones en las siete familias muestran una alta divergencia, con un motivo de extremo 5 altamente conservado. Los dominios centrales de transposasa (DDD) se conservaron mejor entre las siete familias diferentes en comparación con los otros dominios proteicos, que eran menos prevalentes en el genoma vertebrado. El análisis de la dinámica de evolución divergente también indicó que la mayoría de los tipos de transposones identificados en este estudio son relativamente jóvenes o viejos, siendo algunos activos. Además, se encontraron numerosas invasiones de transposones en los genomas de animales tanto vertebrados como invertebrados. Los datos revelan que la superfamilia está ampliamente distribuida en estas especies. Los transposones exhiben alta diversidad y actividad en los genomas pequeños de los animales, y podrían desempeñar un papel crucial en la configuración de la evolución de estos genomas pequeños de los animales.