La matrinxã, Brycon amazonicus, es una de las principales especies utilizadas para la acuicultura y la pesca en la región amazónica; sin embargo, se conoce poco sobre los parásitos que causan sus enfermedades. El presente estudio monitoreó la fauna parasitaria que infestaba un sistema de cría intensiva en el cauce de un arroyo. Las recolecciones se realizaron mensualmente desde septiembre de 1997 hasta enero de 1998. Se observaron parámetros de calidad del agua, procedimientos de extracción de peces, así como datos biométricos y anestésicos para monitorear las condiciones de manejo. De los 80 peces muestreados, 71 (89%) estaban infestados con cuatro especies de Monogenoidea (Anacanthorus spiralocirrus, Jainus amazonensis, Tereancistrum kerri y Trinibaculum brazilensis), 12 (15%) con un nematodo del género Spirocamallanus inopinatus y tres (3,75%) con el copépodo Ergasilus bryconis. Monogenoidea presentó la mayor prevalencia e intensidad de infestación. El análisis de varianza no paramétrico de Kruskall-Wallis mostró una diferencia significativa (P < 0,05) en los índices parasitarios mensuales de A. spiralocirrus, J. amazonensis y T. brazilensis; sin embargo, no se detectó diferencia significativa (P ≥ 0,05) para T. kerri. La evaluación de las condiciones de manejo indicó que la anestesia de captura mensual y los procedimientos de arrastre podrían haber sido responsables de algunas de las señales clínicas, como la pérdida de escamas, la erosión y la ausencia de pigmentos en la aleta caudal y la opacidad de la córnea, que fueron las lesiones más frecuentes en el manejo.