Las algas marinas contienen muchos compuestos valiosos que pueden ser utilizados en la industria alimentaria. El carragenano es un polisacárido que ha sido extraído de las algas marinas durante siglos y se utiliza como texturizante en alimentos y productos no alimentarios. Sin embargo, las algas marinas contienen compuestos distintos al carragenano, como proteínas, que también podrían ser extraídas. Esta extracción debe realizarse sin comprometer el rendimiento y la calidad de la extracción industrial a gran escala de carragenano. Este estudio tuvo como objetivo la extracción de proteínas aguas arriba de algas rojas mediante el uso de una extracción asistida por enzimas optimizada, que incluye un tratamiento acuoso/enzimático seguido de una extracción alcalina, y luego la extracción comercial de carragenano. La eficiencia de extracción de proteínas de cuatro enzimas fue evaluada, incluyendo Celluclast 1.5L, Shearzyme 500 L, Alcalase 2.4 L FG y Viscozyme L a una concentración de 0.0, 0.1, 0.2 y 0.4%. Para evitar efectos perjudiciales sobre el carragenano, todos los experimentos se realizaron a pH 7 a temperatura ambiente. Los resultados mostraron que el 0.2% de Alcalase o Viscozyme añadido individualmente lograron las eficiencias más altas de extracción de proteínas (59 y 48%, respectivamente) a pH 7 y temperatura ambiente (p < 0.05). La determinación de los parámetros de calidad más comunes del carragenano indicó que el uso de cualquiera de estas enzimas no tuvo efectos negativos en el rendimiento y la calidad del carragenano.