, un miembro de la familia Calycanthaceae, es una especie de árbol económico en floración única, tradicional y famosa en China. A pesar de la existencia de varias variedades, solo unas pocas cultivares han sido nombradas formalmente. Actualmente, se utilizan ampliamente marcadores de secuencia de expresión de etiquetas-repetición de secuencia simple (EST-SSR) para identificar diferentes especies y variedades; se pueden identificar un gran número de microsatélites a partir de bases de datos de transcriptomas. Se ensamblaron un total de 162,638 unigenes utilizando RNA-seq; 82,778 unigenes fueron anotados utilizando las bases de datos Nr, Nt, Swiss-Prot, Pfam, GO, KOG y KEGG. En total, se detectaron 13,556 loci SSR a partir de 11,691 unigenes, siendo los motivos de repetición de trinucleótidos los más abundantes entre los seis motivos de repetición. Para desarrollar los marcadores, se diseñaron 64,440 pares de cebadores SSR con potencial de polimorfismo, y se seleccionaron aleatoriamente 75 pares de cebadores para amplificación. Entre estos marcadores, siete pares produjeron fragmentos amplificados del tamaño esperado con alto polimorfismo. Usando estos marcadores, 12 variedades se agruparon en dos clados monofiléticos. Los microsatélites en el transcriptoma exhiben tipos ricos, fuerte especificidad y gran potencial de polimorfismo. Estos marcadores EST-SSR sirven como métodos técnicos moleculares para identificar diferentes variedades de y facilitan la exploración de un gran número de genes candidatos asociados con rasgos importantes.