El sistema inmunitario del intestino representa un entorno único que puede responder rápidamente a los patógenos nocivos, pero se mantiene tolerante a los antígenos de los alimentos y las bacterias comensales. Este equilibrio entre inmunidad protectora y tolerancia depende en gran medida de los fagocitos mononucleares del intestino, como los macrófagos. Los macrófagos intestinales, a diferencia de otras poblaciones de macrófagos del organismo, son hipersensibles a los estímulos, aunque proceden de monocitos sanguíneos plenamente sensibles. El entorno intestinal parece instruir a los monocitos para que silencien su función al llegar al intestino para adaptarse al entorno rico en antígenos. Aunque su función principal en el intestino sano es mantener la homeostasis, en la enfermedad el fenotipo y la función de los macrófagos cambian y estas células se convierten en las impulsoras de la inflamación y la progresión de la enfermedad.