El arroz rico en selenio se ha convertido en una de las formas efectivas de aumentar la ingesta de selenio de las personas. Las proteínas que contienen selenio tienen propiedades antioxidantes más altas, lo que puede llevar a que el arroz integral rico en selenio (Se-BR) tenga una mejor estabilidad de almacenamiento que el arroz integral ordinario (BR). Al medir el valor de peroxidación, el valor de ácidos grasos, el valor de carbonilo y la estructura secundaria de la proteína, se encontró que el Se-BR tenía una mayor resistencia a la oxidación que el BR. La función biológica de las proteínas diferenciales (DEPs) entre el arroz integral ordinario almacenado durante 0 días (BR-0) y 180 días (BR-6) así como el arroz integral rico en selenio almacenado durante 0 días (Se-0) y 180 días (Se-6) fue investigada mediante el uso de iTRAQ. Se identificaron un total de 237, 235, 113 y 213 DEPs de los grupos A (BR-0/BR-6), grupo B (Se-0/Se-6), grupo C (BR-0/Se-0) y grupo D (BR-6/Se-6), respectivamente. El análisis de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto mostró que las DEPs estaban principalmente enriquecidas en el metabolismo de la glucosa, el ciclo del ácido tricarboxílico, la biosíntesis y degradación de ácidos grasos, el metabolismo del glutatión, el metabolismo del azufre, el peroxisoma y otras vías metabólicas. Este estudio proporciona apoyo teórico para el estudio de la cinética de oxidación de proteínas y el control de calidad del almacenamiento del arroz integral durante el almacenamiento.