Las proteínas de gluten son responsables de la calidad de la elaboración del pan de trigo. Sin embargo, el gluten también está relacionado con patologías humanas para las cuales el único tratamiento es una dieta libre de gluten (DLG). La DLG ha ganado popularidad entre las personas que desean reducir su consumo de gluten. El tritordeum es una especie de cereal que se originó después de cruzar trigo duro con cebada silvestre y difiere del trigo panadero en su composición de gluten. En este trabajo, hemos caracterizado los epítopos inmunogénicos del pan de tritordeum y se informan los resultados de un estudio de cuatro fases con adultos sanos sobre las preferencias de pan y las alteraciones en la microbiota intestinal después de consumir pan de trigo, pan sin gluten y pan de tritordeum. El tritordeum presentaba menos péptidos relacionados con las proteínas de gluten, epítopos de enfermedad celíaca y sitios de unión de IgE que el trigo panadero. Los participantes calificaron el pan de tritordeum más alto que el pan sin gluten. El análisis de la microbiota intestinal reveló que la adherencia estricta a una DLG implica algunos cambios menores, especialmente alterando las especies que producen ácidos grasos de cadena corta. Sin embargo, el consumo a corto plazo de pan de tritordeum no induce cambios significativos en la diversidad o composición de la comunidad de la microbiota intestinal en individuos sanos. Por lo tanto, el pan de tritordeum podría ser una alternativa para personas sanas sin patologías relacionadas con el trigo que deseen reducir su consumo de gluten sin dañar su salud intestinal.