Si bien los ecólogos han enfatizado la importancia de los datos a largo plazo en los últimos años, se sabe poco sobre cómo las comunidades pueden cambiar con el tiempo. En este estudio, describimos los patrones generales de diversidad de macrófitos acuáticos en la llanura aluvial del río Paraná, observados durante seis años de estudio. También se evaluaron los cambios temporales en la composición de la comunidad. Se recopilaron datos sobre la presencia o ausencia de macrófitos acuáticos entre marzo de 2002 y marzo de 2008, en seis lagos asociados a tres ríos. Se utilizaron diferentes estrategias analíticas para evaluar la dinámica de las comunidades de macrófitos acuáticos entre los diferentes sistemas de la llanura aluvial. La composición de los macrófitos acuáticos difirió entre los ríos, principalmente con respecto a las diferentes formas de vida vegetal (flotante, sumergida, emergente y enraizada con tallos flotantes). La similitud temporal de la composición de especies durante los seis años y el índice de diversidad beta indicaron que la rotación mensual de especies fue, en general, menor en los lagos conectados, que están directamente influenciados por el río. Probablemente, la fluctuación del nivel del agua sea una fuerza selectiva que contribuye a mantener la diversidad o la riqueza. Nuestros hallazgos indicaron la importancia de las características abióticas y la conectividad de los lagos para determinar la composición de macrófitos y la estabilidad de la comunidad a largo plazo.