Este estudio exploró la participación de genes relacionados con neuropeptidos en el proceso de muda a través de un análisis transcriptómico integral. Se generaron datos transcriptómicos de alta calidad utilizando secuenciación de ARN, revelando 1203 genes expresados diferencialmente (DEGs) entre las etapas de pre-muda y post-muda. El análisis de enriquecimiento funcional demostró que estos DEGs estaban principalmente asociados con funciones moleculares como unión, actividad catalítica y componentes estructurales de la cutícula. Se hizo hincapié en los neuropeptidos, lo que llevó a la identificación de 243 neuropeptidos expresados diferencialmente. Estos neuropeptidos, caracterizados por la presencia de péptidos señal y la ausencia de dominios transmembrana, se encontraron desempeñando roles críticos en la regulación de la muda. Además, se identificaron cinco genes clave de neuropeptidos, incluyendo secuencias novedosas que hasta ahora no habían sido anotadas. Los patrones de expresión de estos genes fueron validados utilizando RT-qPCR, con resultados consistentes con los datos transcriptómicos. Este estudio destaca la importancia de las vías relacionadas con neuropeptidos en la regulación de la muda y establece una base para futuros estudios funcionales. Nuestros hallazgos mejoran nuestra comprensión de los mecanismos moleculares que rigen la muda y proporcionan valiosos conocimientos que podrían informar futuras investigaciones en fisiología de camarones y prácticas de acuicultura.