Las respuestas de defensa de las plantas son mediadas por hormonas como el ácido jasmonico (JA) y el ácido salicílico (SA). Se sabe que JA y SA desencadenan una variedad de respuestas de defensa en plantas modelo, pero se ha descrito poco en cultivos como la quinoa. Aquí, presentamos la primera descripción molecular de la señalización de JA y SA a nivel transcriptómico en quinoa. Se analizaron los transcriptomas de plántulas de quinoa cv. Kurmi tratadas con 100 uM de metilo JA o 1 mM de SA durante 4 horas, utilizando un promedio de 4.1 millones de lecturas emparejadas por muestra. Las plantas de quinoa tratadas con JA mostraron 1246 genes expresados diferencialmente (DE) y las plantas tratadas con SA mostraron 590 genes DE. La respuesta a JA incluyó la inducción de genes para la biosíntesis de JA (8/8 genes) y lignina (10/11 genes), y mostró una fuerte asociación con tratamientos con agentes de biocontrol. El tratamiento con SA desencadenó la regulación al alza de genes para la biosíntesis de monoterpenos y glucosinolatos, ambos con propiedades de defensa. En general, esto sugiere que JA y SA promueven la biosíntesis de polímeros de lignina y compuestos de defensa química, respectivamente. En general, los genes DE identificados pueden ser utilizados como marcadores moleculares en quinoa para rastrear las implicaciones de las vías hormonales en las respuestas de defensa.