El empaquetamiento de la cromatina en el núcleo de una célula eucariota requiere un grado extraordinario de compactación y organización física. En los últimos años, se ha demostrado que esta organización se orquesta de manera dinámica para regular las respuestas a estímulos exógenos, así como para guiar programas de desarrollo específicos de tipos celulares complejos. La expresión génica se regula mediante la compartimentalización de dominios funcionales dentro del núcleo, por composiciones de nucleosomas distintas logradas a través de modificaciones diferenciales en las colas de histonas y mediante el reemplazo de histonas centrales por variantes de histonas. En esta revisión, nos centramos en estos aspectos de la organización de la cromatina y discutimos enfoques novedosos como la imagenología de células vivas y el fotoblanqueo como herramientas importantes que probablemente proporcionen información significativa sobre nuestra comprensión de la naturaleza muy dinámica de la cromatina y los procesos regulatorios de la cromatina. Destacamos la contribución que los estudios en plantas han hecho en esta área, mostrando las ventajas potenciales de las plantas como modelos para entender este aspecto fundamental de la biología.