El cultivo de ginseng americano (AG) sufre de enfermedades severas, lo que requiere un uso intensivo de pesticidas. Este estudio tuvo como objetivo explorar si la siembra acompañante con maíz (AG-maíz) o (AG-perilla) podría mejorar el crecimiento de AG y alterar los microbiomas de la rizosfera/raíz en un campo infestado de podredumbre de raíz. En comparación con la monocultura (CK), la siembra acompañante mejoró significativamente el crecimiento de AG y la tasa de supervivencia en la etapa de marchitez, siendo AG-maíz el que mostró la mayor eficacia, aumentando la longitud de la raíz y el peso fresco, y la altura de la planta en un 39.04%, 46.10% y 48.69%, respectivamente, mientras que la tasa de supervivencia aumentó del 1.51% al 14.54%. El análisis microbiano reveló que la siembra acompañante aumentó la diversidad del microbioma y la complejidad de la red. En la etapa de fruto verde, AG-perilla aumentó el índice Chao1 de hongos de la rizosfera en un 42.6%, mientras que AG-maíz y AG-perilla elevaron los índices de Shannon de hongos endofíticos en un 46.68% y 74.84%, respectivamente. En la etapa de marchitez, AG-maíz enriqueció notablemente los microbios beneficiosos (por ejemplo, suelo +108.49%, +200.73%) mientras que redujo los patógenos (suelo -20.04%, endofíticos de raíz -54.55%). El modelo de ecuación estructural indicó que AG-maíz mejoró la supervivencia de AG a través de antibiosis impulsada por especies clave y regulación de nutrientes, con especies clave sp. RHLT3-4 y sp. IMCC25902 correlacionándose significativamente con la salud de AG. El sistema AG-maíz fomentó redes microbianas sinérgicas, enriqueciendo taxones beneficiosos y suprimiendo patógenos. Estos hallazgos proporcionan una base para desarrollar estrategias de manejo de enfermedades ecológicas y de cultivo de AG de alto rendimiento.