A pesar de la importancia biológica y económica de las plantas, relativamente pocas especies de plantas han sido secuenciadas. Solo se ha determinado la secuencia del genoma de plantas con genomas relativamente pequeños, la mayoría de ellas angiospermas, en particular eudicotiledóneas. La llegada de tecnologías de secuenciación de nueva generación ha permitido el desarrollo rápido y eficiente de nuevos recursos genómicos para especies de plantas no modelo o huérfanas. Sin embargo, el ritmo de secuenciación de las plantas está lejos del de los animales y microorganismos. Esta revisión se centra en los desafíos típicos de los genomas de plantas que pueden explicar por qué la genómica de plantas está menos desarrollada que la genómica animal. Se ofrecen explicaciones sobre el impacto de algunos factores confusos que surgen de la naturaleza de los genomas de plantas. Como resultado de estos desafíos y factores confusos, la correcta ensamblaje y anotación de los genomas de plantas se ve obstaculizada, se producen borradores de genomas y se retrasan los avances en la genómica de plantas.