Este estudio explora los procesos biogeográficos que moldean la distribución de foraminíferos bentónicos a lo largo de un gradiente de salinidad en el estuario de Contaco, en el Pacífico sureste de Chile. El objetivo principal fue evaluar la aplicabilidad de paradigmas ecológicos clave: la regla de Rapoport, el efecto del dominio medio, los ecotonos y la dinámica de fuente-sumidero, a eucariotas unicelulares en ambientes estuarinos. Un transecto longitudinal de 1550 m, muestreado a intervalos de 50 m, reveló un patrón pronunciado impulsado por la salinidad en la riqueza y diversidad de especies, con taxones calcáreos dominando las zonas euhalinas y taxones aglutinados prosperando en áreas salobres y de agua dulce. No se apoyaron las dinámicas de fuente-sumidero, ya que los análisis de diversidad beta identificaron el recambio como el principal motor, destacando el reemplazo de especies a lo largo del gradiente de salinidad. Se observó evidencia de un efecto de Rapoport longitudinal, con rangos de distribución más amplios en ambientes de baja salinidad, reflejando adaptaciones a condiciones subóptimas. Contrario a las predicciones, el efecto del dominio medio no fue respaldado, ya que la riqueza de foraminíferos mostró un declive monótono. Estos hallazgos extienden los principios macroecológicos a comunidades microbianas, enfatizando procesos deterministas en la configuración de la diversidad estuarina. Esta investigación proporciona un marco robusto para entender los patrones de biodiversidad en ecosistemas dinámicos, ofreciendo valiosas perspectivas para la conservación y el monitoreo ecológico.