La lesión por frío durante la etapa de germinación (CIGS) del maíz dificulta significativamente la producción, especialmente en regiones de latitud media y alta, lo que conlleva una germinación lenta, la descomposición de las semillas y un aumento de la susceptibilidad a los patógenos. Este estudio analiza la arquitectura genética de la resistencia al CIGS expresada en términos de la tasa relativa de germinación (RGR) en el maíz a través de un mapeo de asociación utilizando polimorfismos de nucleótido único (SNPs) obtenidos mediante genotipado por secuenciación (GBS). Se evaluó un panel natural de 287 líneas puras de maíz en múltiples ambientes. Los resultados revelaron una heredabilidad de sentido amplio de 0.68 para la tolerancia al frío, identificándose 12 QTL significativos en los cromosomas 1, 3, 5, 6 y 10. Un análisis de predicción genómica demostró que el modelo rr-BLUP superó a otros modelos en precisión, logrando una precisión de predicción moderada de 0.44. Este estudio destaca el potencial de la selección genómica (GS) para mejorar la tolerancia al frío en el maíz, enfatizando la importancia del tamaño de la población de entrenamiento, la densidad de marcadores y los marcadores significativos en la precisión de la predicción. Estos hallazgos proporcionan información valiosa para los programas de cría destinados a mejorar la tolerancia al frío en el maíz.