La salud intestinal de las aves de corral es de gran importancia para el crecimiento y desarrollo de las aves; los cambios impulsados por los probióticos en el microbioma intestinal pueden ejercer un considerable efecto indirecto en el bienestar y rendimiento productivo de las aves. La información sobre el microbiota intestinal de los patos es escasa; mediante el uso de secuenciación metagenómica de alto rendimiento con Illumina Miseq examinamos la diversidad bacteriana fecal de patos Pekín criados con alimento convencional y enriquecido con probióticos. La suplementación con probióticos disminuyó drásticamente la presencia del patógeno oportunista, que era el dominante mayoritario y único común en todas las muestras. Setenta otras especies bacterianas en los ensamblajes fecales de los patos se encontraron con diferencias relacionadas con los probióticos, las cuales fueron interpretadas como beneficiosas para la salud de los patos, como fue confirmado por el aumento en el rendimiento productivo de los patos alimentados con probióticos. Los índices de alfa-biodiversidad bacteriana aumentaron en el grupo alimentado con probióticos. El inventario presentado del bacteriobioma fecal de los patos puede ser muy útil para el metaanálisis global de datos similares con el fin de obtener una mejor comprensión del funcionamiento bacteriano e interacciones con otros microbiomas intestinales para mejorar la salud, bienestar y rendimiento productivo de las aves de corral.