Los andamios se utilizan ampliamente en bioingeniería, tanto como modelos nativos en 3D que imitan tejidos para investigar mecanismos en condiciones fisiológicas y patológicas, como también como agentes implantables en medicina regenerativa. Los enfoques histológicos, principalmente la sección de muestras fijadas en formalina y embebidas en parafina (FFPE) y las secciones de muestras congeladas, se aplican comúnmente para evaluar la distribución celular y las propiedades similares a tejidos de los andamios. Sin embargo, el procesamiento histológico estándar no siempre es compatible con los materiales de los que están hechos los andamios. Por lo tanto, se requieren algunas adaptaciones a los protocolos para obtener secciones intactas. En esta revisión discutimos los desafíos relacionados con el procesamiento histológico de los andamios y las soluciones para superarlos. Cubrimos secuencialmente los pasos de procesamiento de las tres principales técnicas histológicas para la preparación de muestras: criomicrotomía, microtomía de muestras FFPE y microtomía vibratoria. Además, destacamos las consideraciones críticas al elegir el método más apropiado según la composición del andamio, las propiedades mecánicas y la pregunta de investigación específica. El objetivo de esta revisión es proporcionar orientación práctica sobre la elección de una evaluación histológica confiable de sistemas complejos basados en andamios en la investigación de ingeniería de tejidos.