El melón es un cultivo valioso que genera subproductos significativos durante su consumo y procesamiento. Entre estos, las semillas son ricas en compuestos fenólicos y podrían utilizarse para producir brotes con un mayor contenido de estas sustancias bioactivas. Este estudio evaluó los compuestos fenólicos (PhCs) en brotes de dos cultivares de melón, Thales y SV9424ML, obtenidos de semillas con diferentes velocidades de germinación, cosechados a los 6 y 14 días después de la siembra (DAS). Se probó una combinación factorial de cultivar y tiempo de cosecha en un diseño completamente aleatorizado con cuatro réplicas. Thales produjo más brotes listos para comer a los 6 DAS que SV9424ML (64.0% frente a 46.7%). La germinación aumentó significativamente el contenido total de PhCs, particularmente flavonoides, siendo Thales el que mostró valores más altos que SV9424ML (50.2 frente a 32.6 mg kg DW). Los perfiles fenólicos variaron significativamente entre cultivares y cosechas. Los brotes a los 6 DAS tenían más ácidos hidroxibenzoicos y flavonoides totales, mientras que los brotes a los 14 DAS eran más ricos en ácidos hidroxicinámicos. Se observaron diferencias significativas entre las fechas de cosecha en las concentraciones de ácidos protocatecuico, vanílico (VanA), -coumarico (-CouA), ferúlico (FerA) y orientina (Ori) para Thales, y de VanA, -CouA, FerA y Ori para SV9424ML. Los resultados son alentadores, pero son esenciales investigaciones futuras para entender si estos brotes pueden ser adecuados para el consumo fresco, suplementos alimenticios o extracción fitoquímica.