La propagación se basa extensamente en el injerto, sin embargo, la optimización de las estrategias de poda para la calidad del injerto sigue siendo guiada empíricamente. Este estudio elucida los mecanismos fisiológicos y moleculares que subyacen a la calidad del injerto a través de cinco tratamientos de retención de hojas (0%, 25%, 50%, 75% y control sin poda). El tratamiento de retención parcial de hojas del 50% (50% RPH) promovió de manera óptima el desarrollo de yemas axilares en la fruta de la pasión a través de adaptaciones fisiológicas y moleculares coordinadas. Este tratamiento superó significativamente a otros tratamientos en términos de tasa de brotación de yemas y parámetros de crecimiento (incluyendo longitud y diámetro). Los análisis fisiológicos demostraron una acumulación transitoria de auxinas junto con la activación sincronizada del sistema antioxidante, manteniendo la homeostasis redox. El perfil transcriptómico identificó la sobreexpresión de genes en la vía de señalización de auxinas y activadores de citoquininas, mientras que los genes relacionados con la dormancia fueron suprimidos. Estos hallazgos establecen el 50% RPH como un umbral óptimo que equilibra la capacidad fotosintética con la regulación hormonal, proporcionando una estrategia basada en la ciencia para estandarizar la producción de plántulas injertadas, al tiempo que mejora la calidad del injerto para la eficiencia del injerto.